Der Ort Nienhagen ist nach unseren Kenntnissen erstmals im Jahre 1193 erwähnt. Im Laufe der Zeit wechselte dieser zunächst Niggenhagen heißende Ort entsprechend der allgemeinen Sprachwandlungen des öfteren seinen Namen. Historisch ist der Ort noch nicht sehr stark durchforscht. Und doch kann man einiges aus der Geschichte vergleichbarer Hagenhufendörfer erfahren.
Der Ende des 13. Jahrhunderts regierende Landesherr Graf Simon I. wollte nicht, dass die ohne Hoferbe ausgehenden Bauernsöhne, wie Hunderte anderer, in das Baltikum abwanderten. Er versprach ihnen jeweils eine Hufe Land, und zwar in der Nähe eines Fluss- oder Bachlaufes, denn die wohnungsnahe Wasserversorgung war damals notwendig. Diese neuen Bauern durften Wald roden und konnten so ihre Familie ausreichend ernähren.
Auf diese Weise entstand das Dorf Nienhagen, wie im übrigen auch viele andere Orte in der Umgebung. Die Höfe wurden nach Simons Bauplänen, wie auf einer Schnur aufgezogen, entlang der Werre und aus Schutz vor Hochwasser fast allesamt auf felsigen Anhöhen erbaut. Aus der nebeneinanderliegenden Anordnung der eingehegten Felder hinter Gehöften erhielt das Dorf die Bezeichnung "Hagenhufendorf".
Die hier entstandene Form der 1-2 km langen und etwa 200 m breiten handtuchartigen Streifen Land ist auch heute noch sehr gut zu erkennen. Ausschlaggebend hierfür war über Jahrhunderte hinweg sicherlich das sog. "Anerbenrecht", das Recht, dass nur ein Nachfahre den gesamten Hof erbte. Selbst durch die Wirren des 30jährigen Krieges, durch einige nicht in ihrer Gesamtheit verkaufte Höfe wie auch durch Auswanderungen ergaben sich keine grundlegenden Veränderungen.
Obwohl in Nienhagen nie eine Kirche stand, spielte der Ort jedoch über die Jahrhunderte eine besondere Rolle auf Grund der mit der Bezeichnung "Hagenhufendorf" verbundenen Rechte. Auch das Schulwesen barg aus heutiger Sicht etwas Besonderes, denn ab 1816 gab es hier eine Schule, die nicht nur von den Einheimischen, sondern bis 1909 auch von den Kindern aus Orbke und Pivitsheide V.H. besucht wurde.
Im Laufe der letzten Jahrzehnte sind zwar zwei Siedlungen entstanden und die Bewirtschaftung der meisten Höfe eingestellt worden, doch hat dieses nichts daran geändert, dass Nienhagen nach wie vor ein ländlicher Vorort ist und mittelfristig wohl auch bleiben wird - im ungünstigen Fall jedoch durch eine im Osten expandierende Industrieansiedlung bedroht ist.